ҚР Тұңғыш Президенті Музейі 2004 жылғы 28 тамызда ҚР Президентінің Жарлығымен құрылған болатын. Музей алғашқы келушілерді Мемлекет басшысының бұрынғы Резиденциясының ғимаратында 2005 жылдың наурызында қабылдады. 

Музей экспозицияларында айтылатын негізгі идея республиканың мемлекеттік егемендікке қол жеткізуі мен оның Тұңғыш Президенті Н. Ә. Назарбаевтың тәуелсіз демократиялық мемлекет құрудағы тарихи рөлі болып табылады. 

Қазіргі уақытта Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президенті Музейінің қорында 126 000 астам сақтам бірлік бар, соның ішінде Мемлекет Басшысының жеке кітапханасының қоры 16 000 астам дана кітап пен баспа басылымдарынан, Мемлекет басшысының жеке мұрағатының қоры 100 000 жуық сақтам бірлігінен тұрады. Музей қорын 8 000 астам сақтам бірлік құрайды. 

Музейге келушілердің әртүрлі санаттарына қазақ, орыс және ағылшын тілдерінде тақырыптық және шолу экскурсиялары жүргізіледі. 

Музейді кешенді ғылыми-зерттеу, ғылыми-білім беру және мәдени орталық ретінде әрі қарай дамыту мақсатында ғылыми-зерттеу, экспозициялық-көрме, ақпараттық-баспа, экскурсия қызметін жетілдіру, сонымен қатар музей педагогикасы бағытын кеңейтуді көздейтін Қазақстан Республикасы Тұңғыш Президенті Музейінің 2007–2009 жж., 2010–2012 жж. арналған Даму тұжырымдамалары әзірленіп, бекітілді. 

Музейдің ғылыми-ағартушылық қызметі әр алуан қарым-қатынас арналарын қалыптастырудан тұрады: барлық деңгейдегі білім беретін оқу орындарымен және қоғамдық бірлестіктермен бірлесіп өткізілетін экскурсия-сабақтарын, дәрістерін, дәстүрлі емес кездесулерін, пікірталас клубтарының отырыстарын, тұсаукесерлерін ұйымдастырудан. Оқу-ағарту қызметінің маңызды бағыты мүмкіндігі шектеулі балаларды қолдау болып табылады. Астана қ. Еуропалық комиссия, «Астана қ. Мүгедек балалар қоғамы» ҚБ, «Баламай» балаларды дамыту орталығы, «Океан-арт» арт-терапиялық шығармашылық орталығы» ҚБ өкілдіктерімен серіктестік негізде жыл сайын «ерекше балаларға» ұйымдастырылатын арт-терапиялық семинарлар, байқаулар мен балалар көрмелерін өткізу мейірбан дәстүрге айналды. 

Музей жанында «Тарих беттері» бағдарламасы бойынша қызмет ететін Педагогтар кеңесі және Астана қ. тарих пәні ұстаздарын аттестаттау бойынша экспериментальды алаңы жұмыс істейді. 

Белгілі ғалымдар мен қоғам қайраткерлерінің қатысуымен өткізілетін кездесулер Қазақстан Республикасының тәуелсіздік тарихындағы куәгерлерімен және айтулы оқиғалардың қатысушыларымен жүздесуге мүмкіндік береді.